南京第二医院麻醉科成立于1990年，属一级临床科室，现有医护人员19人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师4人，住院医师7人，硕士研究生6人，另有麻醉护士4人。
本科室拥有16间标准手术室（本部11间，分院5间），每间手术室均配备有麻醉机、多功能监测仪和其他相关医疗设备。现年手术麻醉量达10000余台。
常规开展有创动脉血压、中心静脉压、肺动脉压、肺毛细血管压、心排量和血管阻力、呼吸功能（包括压力容积环、呼末二氧化碳、）动脉血气、血栓弹力图、麻醉深度、肌松程度等多项监测。我科开展的超声引导下血管穿刺及神经阻滞技术，经可视喉镜、纤维支气管镜引导的气管插管及双腔管定位技术、多种困难气道的处理技术在国内已达到领先水准。经过多年的实践与临床研究，本科室在老年病人、肝炎肝硬化病人、肿瘤晚期病人以及结核、艾滋病病人和肝移植病人的麻醉与围术期管理方面形成了自己的特色。我科医生多次参与援非援藏等国内甚至国际性的医疗活动，在SARS、甲流、埃博拉、布尼亚等病毒感染的抢救治疗上，具有丰富的经验。我科还提供麻醉门诊、术后镇痛随访等围术期全流程医疗管理。本科室也是南京市最早建立麻醉恢复室的科室之一，日常开展多个麻醉恢复室监测和治疗单元。
本科室目前主要的科研方向包括：1.肝炎肝硬化患者的围术期肝功能保护策略；2.特殊传染病患者免疫功能的围术期变化及围术期医护人员的心理干预；3.重型肝炎产妇围术期重要脏器的保护；4.围术期血栓弹力图的监测对危重病人的血液制品使用的指导；5.肝性脑病的预防及处理策略。本科室当前有结题课题三项，在研课题一项，共发表40余篇学术论文，多篇被核心期刊收录。我科近年来获得两项科研成果奖，其中，“硬膜外加气管插管静吸复合全麻用于肝功能障碍病人手术” 获南京市卫生局引进医学新技术二等奖，“肝功能障碍病人的临床麻醉学研究” 获南京市科学技术进步奖三等奖。