南京市第二医院肿瘤科成立于1994年，是南京市较早成立的肿瘤专科之一，是江苏省临床重点专科，学科带头人郑勤副院长担任南京市医学会肿瘤分会副主任委员、南京市医学会肿瘤放射分会副主任委员等十多个社会职务。
肿瘤科致力于早期肿瘤的辅助治疗、中晚期肿瘤综合治疗及研究，结合国内外临床进展，通过多学科病例讨论（MDT）确定诊疗方案，并积极改善患者的生存质量。拥有2台直线加速器、常规模拟定位机、治疗机，等一系列高精尖设备；放疗采用64排螺旋CT模拟定位，开展放疗技术包括三维适形放疗、调强适形放疗（IMRT）、图像引导放疗（IGRT）、旋转调强技术（Rapid arc）、近距离妇科腔内放疗、碘125粒子植入等。对于肺癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、宫颈癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤等多种实体瘤的综合治疗拥有丰富经验。
基因组学指导下的多种恶性肿瘤个体化治疗。2、PD-1/PD-L1、CTLA-4抗体等多种肿瘤免疫治疗。3、TACE、射频消融、无水酒精注射等治疗肝脏、肺部多种转移或原发肿瘤，金属支架治疗食管、胆道、呼吸道梗阻等。4、高强度超声聚焦刀治疗多种实体瘤。5、常见实体肿瘤三维适形放疗、调强适形放疗（IMRT）、图像引导精确放疗（IGRT）、同步放化疗、再程放疗、单次大剂量姑息放疗等。6、高剂量率近距离后装（腔内）放疗治疗宫颈癌、宫体癌、阴道癌等多种妇科恶性肿瘤。7、肿瘤患者的肝脏功能保护治疗。8、腹腔热灌注化疗、胸部部肿瘤的热疗。9、癌痛规范化治疗。10、肠梗阻导管置入治疗、肿瘤患者的肠内肠外营养治疗。