南京市第二医院病理科始建于1982年。科内现有专业技术人员8人，其中高级职称专技人员2人，中级2人，初级4人。
病理科建筑面积约900平方米（其中钟阜路本部600余平，汤山分院300余平），科内工作间配置合理，设备先进，功能齐全。按照完整病理诊断流程及支持保障的需要，设置有接诊工作室、标本存放室、取材室、快速病理检查与诊断室、免疫组化室、常规技术室、细胞室、档案资料室、危险品贮藏室及分子病理室等。目前拥有先进的全自动进口的组织脱水机、自动染色机、包埋机、常规及进口的徕卡冰冻切片机、病理图文报告分析系统等医疗设备。科室年完成检查例数达18000多人次。科室内病理资料保存完整并实现了全程计算机控制管理。
病理科为医院一级基础与临床科室，承担全院的病理与临床诊断、科研与教学工作。可开展常规组织病理检查、细胞病理检查、组织化学染色、免疫组化检测、分子病理检查、术中快速冰冻检查、全数字病理切片信息扫描及贮存、远程病理会诊及尸检等工作。同时担负外院肿瘤病理、肝穿病理及传染病病理等疑难病例的会诊和病理相关知识的普及、咨询等工作。
病理科始终坚持以医疗质量为中心，努力提高病理制片质量及诊断水平，指导临床医生对患者疾病的诊断治疗及预后判断，为临床医生及患者提供准确、及时的专业报告，认真保护患者的隐私。